Οργανωσιακή καινοτομία είναι η εφαρμογή μίας νέας οργανωσιακής μεθόδου στις επιχειρησιακές πρακτικές της επιχείρησης (συμπεριλαμβανομένης της διαχείρισης της γνώσης), στην οργάνωση της εργασίας ή στις εξωτερικές σχέσεις της επιχείρησης, η οποία δεν έχει χρησιμοποιηθεί στο παρελθόν από την επιχείρηση.

Η καινοτομία αυτή οφείλει να είναι το αποτέλεσμα στρατηγικών αποφάσεων της διοίκησης της επιχείρησης. Οι συγχωνεύσεις ή οι εξαγορές εξαιρούνται, ακόμη κι αν υλοποιούνται για πρώτη φορά.

Εξετάζονται οι ακόλουθες οργανωσιακές μέθοδοι:

• Νέες επιχειρησιακές πρακτικές για οργανωσιακές διαδικασίες (π.χ. διαχείριση της εφοδιαστικής αλυσίδας, αναδιοργάνωση επιχείρησης, διαχείριση γνώσης, λιτή παραγωγή (lean production), διαχείριση ποιότητας κ.ά.)
• Νέες μέθοδοι οργάνωσης εργασίας και λήψης αποφάσεων (χρήση για πρώτη φορά π.χ. νέου συστήματος καταμερισμού των αρμοδιοτήτων των υπαλλήλων, ομαδικής εργασίας, αποκέντρωσης, ενοποίησης ή διάσπασης τμημάτων, συστημάτων εκπαίδευσης και κατάρτισης κ.ά.)
• Νέες μεθόδοι οργάνωσης εξωτερικών σχέσεων με άλλες επιχειρήσεις ή δημόσιους οργανισμούς (εφαρμογή για πρώτη φορά π.χ. συνεργασιών, εταιρικών σχέσεων, εξωτερικής ανάθεσης ή υπεργολαβίας κ.ά.)